In sezonul 2009-2010, FC Rapid a fost considerata una din cele mai principiale formatii din campionat. Echipa nu tinea cont de adversara avind capacitatea sa fure puncte oricarui club. Acest lucru s-a observat in special pe final de sezon atunci cind echipa a jucat o serie de meciuri pozitive cu liderele campionatului.

Dupa ce a ocupat un loc sase meritat in sezonul 2009-2010, in urmatorul sezon echipa nu a mai avut un joc intr-atit de stabil, mai ales pe final de sezon cind rapidistii au pierdut pozitia saptea in detrimentul lui FC Tiraspol. Acest sezon s-a caracterizat printr-o schimbare frecventa de antrenori care probabil si-a pus amprenta in evolutia echipei.

In sezonul 2011-2012, echipa a revenit la o veche denumire FC Rapid, dupa ce a evoluat citeva sezoane sub denumirea de Rapid Ghidighici. Incheind un acord cu clubul armatei, echipa evoluează sub denumirea de FC Rapid.